IPCO behartigt de gezamenlijke belangen van de aangesloten vrije, door de Vlaamse Gemeenschap erkende en gesubsidieerde scholen van de protestants-evangelische eredienst in Vlaanderen en het Brussels Hoofdstedelijk Gewest.

IPCO is als koepel van inrichtende machten van vrije onderwijsinstellingen van de protestants-evangelische eredienst de erkende gesprekspartner met de Vlaamse Overheid voor de vrije protestants-evangelische scholen.

De bij IPCO aangesloten scholen hebben een gemeenschappelijk pedagogisch project als basis, soms met enkele lokale aanpassingen en accenten. VZW NaPCO organiseert nascholingsactiviteiten.